《宝可梦：朱/紫》以下升级文件将于4月底发布:目前，本作的版本号为1.2.0，与第一次版相比修复了很多东西，但仍然存在很多问题。
更新1.2.0版时最严重的问题是归档文件损坏。根据多位玩家的反馈，出现了更新后存档丢失的问题。其中包括数百小时的进展情况和辛苦收集的闪存宝可梦。
据报道，《宝可梦：朱/紫》将于4月底再次更新，届时主要修复一个与宝可梦蛋相关的bug。以前没有更新1.2.0版升级的玩家，在进入太晶团体战后，会在没有捕捉到新宝可梦波荡水和铁斑叶的情况下获得宝可梦蛋。另外，如果玩家把这个蛋留在队伍里的话，就不能参加太晶团体战了。下次更新将为这部分玩家修复此问题，确保玩家成功捕获新宝梦。
对于存档损坏，官方为玩家提供了潜在的解决方案，但并未在4月份的更新文件中明确表示是否要修复此问题。据报道，宝可梦公司已经发现了这个问题，但没有找到具体原因，再现时遇到了困难。
